卷一痘原出痘形证痘出五脏形证痘主部位痘形顺逆痘色顺逆痘证老嫩痘证疏密辨形神声气饮食之虚实辨气血虚实证辨表证虚实辨里证虚实辨阳热证辨阴寒证辨虚实寒热误治禀赋顺逆险天时顺逆险人事顺逆险发热顺证发热险证发热
谢氏《发背对口治诀论》序总论附∶谢氏外科秘法附∶对口方附∶杨州存济堂药局膏药方
序卷上疮科总论五发痈疽论五发痈疽通治方疔疮论瘰论卷下肠痈痔论乳痈论肺痈论诸疳疮论附骨疽论诸疮论疥癣论瘿瘤论疮论便毒论
普济本事方续集
正文种痘要旨选苗蓄苗天时择吉调摄禁忌可种不可种水苗种法五脏传送之理旱苗种法痘衣种法痘浆种法信苗补种自出治法
一画二画三画四画五画六画七画八画九画十画十一画十二画十三画十四画十五画以上
序叙自叙御定医宗金鉴麻疹卷一疹原轻重麻疹主治大法麻疹未出证治麻疹见形证治麻疹收没证治卷二身热不退烦渴谵妄喘急咳嗽喉痛失音牙疳呕吐泻泄痢疾腹痛衄血瘙疹盖痘疹瘾疹卷三 （附采诸家麻后证治）麻后龟胸麻后肺痿
总论各论温病大纲逆传入营流连气分邪留三焦里结阳明卫、气、营、血看法论湿邪察舌白苔黄苔绛舌紫舌淡红舌黑苔验齿辨斑疹辨白疹论妇人温病
序序例第一案~第九案第十案~第十九案第二十案~第二十九案第三十案~第三十九案第四十案~第四十九案后记
祝由十三科