序一序二序三卷之一初诞第一问护养法第二问噤风撮口脐风第三问脉法第四问（无方）变蒸第五问五脏所主第六问（无方）五脏病证第七问（无方）肝脏第八问心脏第九问脾脏第十问卷之二肺脏第十一问肾脏第十二问面上证气色
序卷上脾胃虚实传变论脏气法时升降浮沉补泻图说脾胃胜衰论补脾胃泻阴火升阳汤肺之脾胃虚论升阳益胃汤君臣佐使法分经随病制方通气防风汤羌活胜湿汤用药宜禁论《内经》、仲景所说脾胃卷中气运衰旺图说饮食劳倦所伤始为
兰室秘藏
自序卷之一·治法通论卷之一·调经门经候总论经闭血崩赤白带下白浊白淫卷之二·杂症门上（杂证男女一也。此二卷方论，出女科书，多杂病书所遗，故存之耳。）虚劳客热寒热恶寒中风飞尸血厥螈颤振惊悸颠狂血风烦闷血风
概述卷一阴阳颠倒篇顺逆探原篇回天生育篇天人寿夭篇命根养生篇救母篇红铅损益篇初生微论篇骨阴篇卷二媾精受妊篇社生篇天厌火衰篇经脉相行篇经脉终始篇经气本标篇脏腑阐微篇考订经脉篇包络配腑篇卷三胆腑命名篇任督死
洄溪医案
第1部分第2部分第3部分第4部分
弁言杨序总评卷上卷下书《人身图说》后书《医林改错》后书《医林改错》后读《全体新论》
卷第一玉石部玉屑车渠金线矾波斯白矾金屑银屑石流黄绿盐紫骐竭珊瑚石蟹胡桐泪卷第二草部人参木香草犀根薇白兔藿无风独摇草人肝藤石海根越王余通草兜纳香风延母大瓠藤水海藻昆布阿魏荜茇酱延胡索红豆蔻肉豆蔻零陵香补
小引卷一水部诸水火部诸火土部诸土金部金赤铜铜青自然铜古文钱铅铅粉铅丹密陀僧锡铁落针砂铁精铁锈石部玉云母白石英紫石英丹砂银朱水银轻粉灵砂雄黄雌黄石膏滑石赤石脂炉甘石无名异石钟乳锻石浮石阳起石磁石代赭石禹